С 1994 по 2001 годы театр работал без главного режиссера. Исполняла обязанности художественного руководителя заслуженный работник культуры Д. Бутинская. В этот период в театр приходили разные режиссеры с авторской постановочной стилистикой и своим взглядом на театральное искусство. А Ставропольский театр кукол не боялся экспериментировать. В его репертуаре появился дипломный спектакль выпускницы Санкт-Петербургской театральной академии Г. Вежак «Чужой» по пьесе Синакевича. Постановка была практически без кукол, она строиласьна живой руке с применением каких-либо аксессуаров.
«Кошка, которая гуляет сама по себе» Р. Киплинга, «Осенняя песня травы» С. Козлова, «Золотой петушок» А. Пушкина — спектакли, которые в эти годы вызывали особый интерес у публики и профессионалов.
В 2000 году родился проект «Через сказку к возрождению России». Это серия спектаклей по мотивам русских народных сказок. Первым из них стал спектакль «Гуси-лебеди» в постановке Я. Мэра и художника Т. Жуковой, вторым — «По щучьему велению».
С 2001 по 2009 годы главным режиссёром краевого театра кукол был Григорий Менделевич Гольдман. Должность художественного руководителя занимала заслуженный работник культуры РФ Д. Бутинская. За эти годы было осуществлено семнадцать сценических постановок: «Кошкин дом», «Котенок по имени Гав», «Почти Красная шапочка», «Три поросенка», «Вишневый сад», «Гусенок», «Солдатская школа», «Осторожно, Коза» и др. Со спектаклем «Живая вода» театр был участником IV Международного фестиваля театров кукол им. С. В. Образцова. Также театр побывал на III Международном фестивале «Серебряный осетр» в Волгограде со спектаклем «Новые похождения Колобка», получив диплом участника фестиваля и медаль. В 2008 году на Международном фестивале «Муравейник» в Иваново театр показал спектакль «Сэмбо»: постановка получила высокую оценку театральных критиков Москвы и Санкт-Петербурга.
С 2012 по 2020 годы краевой театр кукол возглавлял А. Безгин. С 2013 года труппа театра была временно размещена в помещении Ставропольского Дворца культуры и спорта. В этот период в театре работают приглашенные режиссеры: В. Литвинов, Мария Думчикова, Анастасия Осипова, Павел Овсянников, Павел Акинин. Главный режиссер театра — Г. Гольдман. В репертуаре были постановки: «Аистенок и пугало», «Солнышко и снежные человечки», «Принцесса Крапинка», «Золотая рыбка», «Не ёжик», «Зимняя мышка», «Золушка», «Тайна королевы Молнии», «Принцесса на горошине», «Лягушка-путешественница», «Аленький цветочек», «Рукавичка», «Серебряное копытце, «Снежная королева», «Гадкий утенок», «Маленький Мук», «Бармалей». Возобновились гастрольные поездки по городам и районам Ставропольского края. Театр поддерживал тесные связи с театрами кукол других российских регионов.
В 2021 году произошло долгожданное событие: краевой театр кукол вернулся домой. В обновленное историческое здание на проспекте Октябрьской революции краевого центра труппа СКТК переехала в январе.
Реконструкция театра проходила в рамках национального проекта «Культура», в рамках которого на ремонтно-восстановительные работы было выделено более 250 млн рублей из федерального и краевого бюджетов. За ходом работ лично следил губернатор Ставропольского края Владимир Владимиров и первый заместитель председателя комитета Государственной Думы РФ по культуре VII созыва Ольга Казакова.
В здании театра появились новые кабинеты, удобные гримерные комнаты для актеров, холлы, буфет, гардеробная. Оборудованная современным мультимедийным оборудованием сцена (поворотный круг, 3D-mapping, объёмный звук, LED-экран), большой зал на 140 мест, игровая комната, просторное фойе для проведения интерактивных программ, малый зал с высоким техническим оснащением — это и многое другое позволяет сегодня театру осуществлять самые смелые творческие планы.
Краевой театр кукол активно участвует в федеральной программе партии «Единая Россия» «Культура малой Родины» проекта «Театр — детям», в рамках которой имеет возможность создавать новые постановки, привлекая режиссеров и художников из других регионов России, а также осуществлять гастрольную деятельность и укреплять материальную базу театра.